Началом истории Православного Прихода села Усть-Кан можно считать 1875г. Из ведомости «О самостоятельной церкви Томской Епархии Бийского уезда села Усть-Канского Алтайской Миссии во имя Святителя и чудотворца Николая за 1902г» находим : «Означенная церковь заложена в1873году, освящена в 1875 году начальником Алтайской Миссии Архимандритом Владимиром. Плана нет. Зданием деревянная, с таковою же колокольнею. Престол в ней один во имя Святителя и Чудотворца Николая». Эту Церковь на собственные средства построил русский купец Тимофей Евграфович Мокин. Этот же 1875 г считается годом основания села Усть-Кан. Построенная Церковь вошла в состав Черно-Ануйского Отделения, и вероятнее всего окормлялась священниками из Черного Ануя, вплоть до 1902 года. Возможно первым настоятелем ее стал иеромонах Тихон, назначенный заведующим Черно-Ануйским отделением 6 апреля 1875г.
15 марта 1889г в Усть-Кане открывается миссионерская церковно-приходская школа в собственном здании, с квартирою для учителя. Построена все тем же купцом Т.Е. Мокиным. Из приложения к Отчету за 2-е полугодие 1918-1919 гг. о школе находим следующие сведения: «Школа 1-классная смешанная. Помещение собственное. Здание одноэтажное, деревянное, сухое, специально построенное под школу. Помещается в середине селения, на равнине, на сухом грунте, вблизи есть лес и река». (Святогорье . История Республики Алтай в документах Центра хранения Архивного фонда Алтайского края. XVII – начало XX веков. Горно-Алтайск, 2000. С.140-141). Учителем при школе в 1902 году состоял Тимофей Ангаков, с 1906 по 1916 г учителем был Д. Белоусов. В 1902 г Усть-Канская Церковь встречала храмовую икону Святителя Николая, написанную на Афоне. С 1902 года Усть-Канская церковь становится самостоятельной. Об этом свидетельствует Ведомость за 1902г: «Причт состоит из священника и дьякона на должности псаломщика. Копии с метрических книг ведутся с сего 1902г, хранятся в церковном архиве в целости; запись же крестившихся, бракосочетавшихся и умерших до 1902 г велась в метрических книгах Черно-Ануйской Церкви. Исповедная роспись ведется с сего 1902 года, до которого прихожане записывались в исповедных росписях Черно-Ануйской Церкви». Из этого следует, что до 1902г Усть-Канская Церковь была приписной к Черно-Ануйской Церкви. Первым священником уже самостоятельной церкви был Лука Кумандин, а дьяконом на должности псаломщика Тимофей Ангаков. В 1907г настоятелем назначен Священник Макарий Абышкин. До революции священниками в Усть-Кане также были Прокопий Тыдыков и Василий Апанаев.
В Советское время церковь была разрушена. Из ее бревен была построена авиакасса Усть-Канского аэропорта в районе с. Озерное (до ныне не сохранилась).
История Прихода в постсоветское время начинается с того, что несколько человек стали собираться для молитвы в доме Екатерины Александровны Софроновой по адресу пер.Ленинский, 15. Это был 1991г. Затем 7 мая 1992 г впервые приехал священник — о.Ростислав Киращук, он при большом стечении народа провел беседу о Православии в клубе и 2 дня крестил и причащал народ. Впоследствии прихожане стали собираться в красном уголке коммунальщиков, затем выпросили маленькую избушку на территории коммунального хозяйства и стали молиться там. Батюшка приезжал уже из Усть-Коксы(отец Андрей Суховский). Крестил, совершал другие требы. В 1993г прихожане, а именно Виктор Степанович Казанцев и Елена Нестеровна Карбышева купили дом для Церкви по адресу: пер.2-й Тугамбаева, 6.
В 1993г 18 октября о.Андреем Суховским там была отслужена первая Литургия и проведено Учредительное Собрание, на котором постановили учредить Православный Приход Церкви Святителя Николая. В этом здании прихожане молились до декабря 1996г.
С января 1997г стали служить в другом здании в центре села (бывшый Детский сад), которое 26 декабря 1996г. по просьбам прихожан было передано безвозмездно главой администрации района Соеновым Николаем Кудачиновичем по адресу ул.Ленинская, 97. В этом здании до сего дня размещается Никольская Церковь.
В период с 1993 по 1999гг настоятелями Никольской Церкви были: о.Андрей Суховский, о.Ефрем Воронин, о.Иннокентий Тупикин. Какое-то время приезжал для совершения служб о. Андрей Ушаков из Онгудая.
С 1999 по 2002гг настоятелем был о.Сергий Башкатов.
С 2002 по 2007гг окормлял приход клирик Преображенской Церкви г.Горно-Алтайска о.Георгий Селянинов. В эти же годы приезжал служить благочинный о.Георгий Балакин.
23 сентября 2007г на Приход был назначен иерей Вячеслав Аминов, который до настоящего времени является настоятелем Церкви Святителя Николая с.Усть-Кан.
6 ноября 2006 г Епископ Барнаульский и Алтайский Максим освятил начало строительства нового храма.
