Cело Онгудай расположено в географическом центре Республики Алтай в межгорной Урсульской степи на берегах реки Урсул. Расстояние от Горно-Алтайска — 210 км к юго-востоку.
Село основано в 1626 году. В 1856—1857 годах основан стан-поселение Алтайской духовной миссии Русской православной церкви. Долгие годы в этом селе служил священник-миссионер Константин Соколов, который овдовев принял монашество с именем Иннокентий, позднее был начальником Алтайской Духовной Миссии. Скончался в сане архиепископа и погребен у алтаря Никольской церкви с. Ромашково Московской области. А у алтаря храма в Онгудае погребен первый священник — алтаец и основатель алтайской нацилнальной литературы протоиерей Михаил Васильевич Чевалков.
В 1860 году открыта первая школа, для которой в 1881 году построено собственное здание. В 1879 году – построен Успенский храм (ныне Свято-Троицкий). Освящен 25 апреля 1881 г. епископом Владимиром (Петровым). Во времена лихолетья в нем было устроено сначала библиотека, а затем музей. Передан храм в руки православных прихожан в 1993 году. Восстановлен и освящен в честь Святой Троицы архиерейским чином 7 ноября 1995 году епископом Антонием (Масендич).
С 2004 года настоятелем прихода является иерей Сергий Коробейников.
