Село Шебалино расположено у реки Семы, на склонах и в низине большой котловины, недалеко от границы с Алтайским краем. Заселение здешних мест началось в 1833 году. По описаниям русского ученого С. П. Швецова, на месте современного села Шебалино, сначала была заимка купца Попова, а на окраине по логам жили алтайцы. Но в 1860 – 1870 годы, по мере увеличения числа русских крестьян, заимка расширилась, и образовалось небольшое село.
Первая церковь в селе была деревянная, однопрестольная, с двухрядным иконостасом, с железной крышей и железным куполом; семиглавая, высотой 33 аршина (около 24 метров), устремленная ввысь – она одним своим видом призывала народ к благочестию. Храм был построен в 1899 году подрядчиком Носковым и освящен в честь Успения Божией Матери.
По архивным документам, в церкви служили четыре священника.
Первым настоятелем храма был иерей Иннокентий Иванович Чевалков, алтаец по национальности, священник-миссионер, родственник родоначальника алтайской литературы протоиерея Михаила Чевалкова. Члены Шебалинской общины верующих отличались ревностью к Православной вере и сплоченностью. В 20-е годы около двух тысяч прихожан почти ежегодно возобновляли регистрацию общины, что, видимо, и послужило причиной разрушения храма.
Храм разрушен был в 1929 году, его бревна пустили на строительство районного дома культуры (с 1979 года в здании размещается детско-юношеская спортивная школа. Не стало в селе Шебалино храма, но остались люди, которые долго помнили, как на их глазах разрушали храм Божий, срывали иконы, ломали кресты… Люди, которые, несмотря на гонения, смогли не только сохранить веру христианскую и преданность многовековым традициям Святого Православия, но и передать веру своим потомкам. В их числе: Чабаевская Мария Никитична, Челтугашева Александра Семеновна, Курбатова Евдокия Степановна.
В 50-е и 60-е годы эти женщины работали в селе Шебалино, а в выходные и в праздничные дни, иногда, втайне от односельчан и даже от своих мужей, ездили в Бийск, в Успенский храм. Там они обрели навыки в церковном пении и чтении на церковнославянском языке, которые пригодились им позднее.
В 1993 году по инициативе Александры Семеновны Челтугашевой и Марии Никитичны Чабаевской верующие села Шебалино и окрестных деревень (Дьектиека, Мыюты, Черги) решили объединиться в православную общину. Старостой выбрали Александру Семеновну Челтугашеву. Сначала в общине было всего 4 человека, к 1994 году численность верующих возросла до 18. Это «малое стадо» еще не имело своего пастыря, ни помещения для молитвенных собраний, но люди испытывали желание вместе идти к Богу. Собирались у кого-нибудь дома, чтобы помолиться, попеть «Царица Небесная» и «Царица моя Преблагая». В 1994 году по настоятелем Шебалинского прихода был назначен иерей Георгий Балакин, клирик Преображенского прихода г. Горно-Алтайска, с сохранением прежнего места служения.
Администрация Шебалинского района выделила для совершения богослужений одно из помещений детского сада «Ёлочка». Помещение это было в аварийном состоянии: протекала крыша, сгнило крыльцо, плохо работала отопительная система. Но за короткий срок прихожане вместе с настоятелем отцом Георгием привели помещение в порядок: укрепили полы, устроили алтарь, отремонтировали систему отопления.
Более чем через шестьдесят лет верующие вновь объединились для Причастия Тела и Крови Христовых.
В 1999 г. отец Георгий назначен настоятелем Свято-Духовного храма в с. Майма. С 2000 г. и.о. настоятеля Успенского Прихода стал иерей Лаврентий Донбай, клирик церкви Преображения Господня г. Горно-Алтайска. Раз в 2-3 недели отец Лаврентий приезжал за 120 км из города в Шебалино, чтобы совершить Божественную Литургию и требы.
В 2007 г. настоятелем храма назначен иерей Павел Тайченачев. В 2013 — иерей Вадим Зебеницкий.
